Franciscus oli rikkaan kangaskauppiaan, Pietro di Bernardonen, poika italialaisesta Assisin pikkukaupungista. Franciscus vietti nuoruudessaan, aina 25-vuotiaaksi asti ylellistä elämää. Franciscus koki kääntymyksen ollessaan pyhiinvaellusmatkalla Roomaan. Hän kohtasi inhottuun lepraan (spitaaliin) sairastuneita ja alkoi hoitaa heitä. Franciscus sai kutsun korjata kirkkoa. Hän ryhtyi kunnostamaan Assisin lähellä sijaitsevaa raunioitunutta San Damianon kappelia ja paria muuta kirkkoa isänsä rahoilla.
Franciscus ryhtyi saarnaamaan ja sai mukaansa muita. Hän laati seuraajilleen säännön. Kaksi vuotta ennen kuolemaansa hän sai La Vernan vuorella stigmatisaation, eli hänen ruumiiseensa ilmestyivät ristiinnaulitun Kristuksen haavat. Elämänsä loppuaikoina Franciscus kirjoitti jo hyvin sairaana kuuluisan Aurinkolaulun eli kaikkien luotujen ylistyksen, jossa kuvastuu hänen ajatuksensa Jumalasta, joka on läsnä kaikissa luoduissaan. Pyhä Franciscus kuoli 3.10.1226. Hänet julistettiin pyhimykseksi jo kaksi vuotta kuolemansa jälkeen.
Eläinrakkaan Pyhän Franciscuksen päivä aloittaa myös yleisen eläintensuojeluviikon.
